4.6.1 POLYMERASE CHAIN REACTION

Les méthodes d'amplification, telles que la PCR, où le nombre de copies d'une séquence cible peut être multiplié de nombreuses fois, ont considérablement augmenté la sensibilité des sondes ADN, ce qui a permis d'utiliser des sondes contre des séquences non-répétitives.

Par exemple, la PCR a été utilisée pour examiner l'association entre la présence de gènes Pfmdr ou Pfcrt avec la résistance à la chloroquine ou d'utiliser des séquences d' ARN ribosomal de différencier entre P. falciparum, P. vivax, P. ovale ou P. malariae. Le gain de sensibilité de la PCR sur le format original des sondes ADN sur spot, a également augmenté la complexité de la technique, qui nécessite un équipement spécial (re-cycleur thermique automatique pour l'amplification et séparation du matériel amplifié par électrophorèse sur agarose). En outre, le risque de contamination de l'échantillon est un problème intrinsèque de toute forme d'amplification, qui'il faut éviter à tout prix.

Sensibilité. Lorsqu'elle est utilisée dans les meilleures conditions possibles, la technique PCR est capable de détecter des parasitémie de moins de 0.00002%, correspondant à un parasite par mm3 ou 5 parasites par 5 µl d'échantillon de sang. Bien que la PCR soit théoriquement capable de détecter la présence d'un seul parasite par échantillon, une telle sensibilité est rarement atteinte, en partie parce que le sang contient des produits pouvant inhiber la réaction. Il s'agit donc d'un seuil de détection 5 fois plus faible que celui atteint par la lecture d'une goutte épaisse dans de bonnes conditions (soit 0.0001% lorsqu'un microscopiste compétent prend au moins 10 minutes à examer 100 champs sur une lame bien colorée).

L'emploi de nested PCR dans les études de terrain a permis de montrer que la fréquence des infections mixtes était bien plus grande qu'on ne l'imaginait sur la base des résultats de la microscopie, démontrant ainsi la prévalence globale de P. ovale et de P. malariae (deux parasites fréquemment trouvés comme population minoritaire d'infections mixtes à P. falciparum ou à P. vivax).

Lecture supplémentaire:

Patsoula A. et al. (2003). A single-step, PCR-based method for the detection and
differentiation of Plasmodium vivax and P. falciparum. Ann Trop Med Parasitol, 97, 15–21 (en anglais)