MARQUEURS GENETIQUES ET POLYMORPHISME

Pour toute étude génétique, il est important de disposer de

• clones de parasites parasites bien caractérisés. Le clonage est fait à partir de sang infecté, utilisant soit la micromanipulation ou une méthode de dilution limitante.
• des marqueurs génétiques fiables. Différents marqueurs ont été décrits, y compris les isoenzymes, marqueurs de résistance aux médicaments, epitopes d'antigènes polymorphiques (typage utilisant des anticorps monoclonaux) ou séquences géniques (typage utilisant le PCR et des sondes soit pour des gènes polymorphiques soit pour des loci de microsatellites).

Le polymorphisme des populations de Plasmodium est considérable et il a été estimé qu'en moyenne, une infection plasmodiale chez l'homme était causée par la co-infection de 3.9 populations parasitaires.

• En utilisant des isoenzymes (par exemple, la glucose phosphate isomérase, GPI, ou la lactate déhydrogenase, LDH), il a été montré que les isolats sauvages contiennent souvent plus d'une population haploïde. Chez un patient de Thailande, l'infection consistait de 7 populations différentes.

• L'extrème diversité du génome des isolats de Plasmodium est particulièrement évident en utilisant des techniques de typage en Southern blot qui measure le polymorphisme des fragments de restriction (applellé restriction fragment-length polymorphisms ou RFLP) avec différentes sondes ADN (par exemple la sonde télomérique rep20).

• Le PCR est couramment la méthode de choix pour les études de terrain des isolates de Plasmodium. Les séquences de gènes d'antigènes polymorphiques sont fréquemment utilisées comme amorces de PCR, y compris MSP-1, MSP-2, GLURP et CSP. Certaines de ces molécules possèdent de nombreux allèles.

• Marqueurs de résistance aux médicaments. Les enzymes DHFR and DHPS sont la cible des antifoliniques (pyriméthamine) et des antifoliques (sulfadoxine, dapsone) et des mutations ponctuelles du gène de ces enzymes est responsable de la résistance à ces médicaments. Toute une gamme de telles mutations ponctuelles a été décrite. Les études PCR utilisant des amorces correspondant à ces mutations représentent des marqueurs génétiques utiles. D'autres marqueurs de résistance aux médicaments comprennent les gènes de multi-résistance (Pfmdr 1 et Pfmdr 2) et le gène de la résistance à la chloroquine (Pfcrt)(voir Section sur la résistance aux médicaments).